莖腐病  炎熱夏季，過高的土溫常燙傷銀杏苗幼嫩莖基部的表皮，真菌便乘機侵入傷口。發病莖部首先變褐，皮層皺縮，內皮腐爛。病菌繼續侵入木質部和髓部，使髓部變暗褐色，中間逐漸空莖，并產生黑色小菌核，隨后病菌侵入根部，皮層腐爛。上部植株枯死，拔起苗木，根皮脫落，僅剩下木質部。一般情況下，在入梅早、且梅雨季節持續時間短的情況下，發病早而嚴重，造成死苗，嚴重時死苗率達90%以上。
　　葉枯病  是銀杏一年生小苗和幼樹的主要病害之一，也是一種真菌性病害。發病初期葉片先端變黃，以后黃色部位逐漸變褐壞死，并擴展到整個葉緣，其后病斑向葉片基部蔓延，直至整張葉片變褐并枯焦脫落。一般從5月至6月開始發生，7月至8月為發病高峰。此后，隨著時間的推移，病株的感病枝條會越來越長，褐色枝葉越來越多，嚴重時整株樹葉全部脫落，樹冠光禿，甚至一些嫩枝也枯干而死。
　　枯梢病  該病為真菌性病害，一般在當年新梢長度達5厘米左右時開始出現。剛開始時新梢頂端幼葉上可見紫紅色病斑，隨后蔓延到生長點。約經20天病部顏色由紫紅色變為褐色，直至壞死干枯，干枯的幼葉不掉落。生長點壞死再經20天至30天，壞死梢下部腋芽萌發成側枝或主梢，抽發的新梢長5厘米左右時，頂部幼葉再次被侵染發病。少數病株能三次抽發新梢，但同樣被再次侵染。反復感病后，病株上部枝梢叢呈掃帚狀，生長被抑制。

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