出現在盆栽蘋果上的病蟲害，跟地栽蘋果有很多類似的地方，最常見的是腐爛病、輪紋病、蚜蟲、紅蜘蛛等。一旦發生病害，要及時摘除病枝、病葉、病果，刮除病斑；對蟲害，可人工捕捉。 
        謹防果面出現黑斑：蘋果果面干凈、著色好且均勻，是盆栽蘋果很重要的一個觀賞性狀，但多個因素會影響蘋果果面的健康。有的套袋蘋果去袋后可見果實表面有大小不一的黑色斑點，略往里凹，特別是在遠離果柄的一端，出現幾率更高，這極大地影響了盆栽蘋果的銷售。 
        引起蘋果果面出現黑斑的原因有很多，其中之一是藥害，在蘋果套袋前，藥劑使用不當就會出現這種現象，如使用新藥，濃度大，使果實表皮細胞死亡，因此筆者建議在選擇藥劑時，不要盲目求新。在套袋前一次使用的藥劑品種太多，也會引起這類現象，要盡量避免。 
        另一方面，噴藥后立即套袋，袋內濕度大，也易導致果皮受損。 
        另外，高溫高濕的氣候條件也會引起這種病癥，尤其是在降雨頻繁、氣溫又高的地區，病菌容易隨雨水進入紙袋侵染果實，并在高溫高濕環境中快速繁殖。套袋選擇的袋子質量要盡量好一些，袋子的通透性太強或太差，都不利于果實健康。通透性太強，病菌容易侵入袋內；通透性太差，袋內溫濕度高，也很容易引發病菌繁殖。 

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