彩色馬蹄蓮常見病害主要有細菌病害、真菌病害和蟲害，下面予以分別介紹。細菌病害歐氏菌：歐氏菌病害也稱軟腐病，是由胡蘿卜軟腐歐文氏菌胡蘿卜軟腐致病變種引起的。被感染的葉片和莖變為深綠色，有壞死斑和腐斑，并分泌粘液，最終植株倒掉。塊莖同時也開始腐爛，并有惡臭。當植株生長不良時，可通過一些小的傷口造成感染。這些細菌也可分泌一些酶來溶解細胞壁而穿透植株。如果植株干燥，被感染的植株和其生長的土壤應小心地移掉。應注意在種植前需將那些被感染的塊莖盡早挑出來，并進行消毒預防。對歐氏菌感染的敏感程度也因品種的差異有所不同。一般來說，黃色和橙色的品種比白色和奶油色的品種容易感染。最好的控制方法是在栽培時，自始至終為植株提供一個最佳的生長環境，使其能夠保證不受干擾地進行發育。彩色馬蹄蓮的生長環境應達到以下的要求：
　　提供足夠的水分（不要種植的太淺；當土壤變干時再澆水）；
　　土壤的排水性能要好，以防止過濕情況的發生；
　　避免溫室中的溫度過高，特別是相對濕度大時；
　　防止植株和塊莖受損傷（防止風對植株的損傷，注意不要讓除草劑影響植株的生長，在收獲和處理時的操作要小心）；
　　防止其他真菌病害和蟲害造成的損傷。（例如由腐霉菌或絲核菌引起的損傷可能為歐氏菌的侵入提供一個港口）；