一、立枯病
　　棉立枯病俗稱爛根病、黑根病，全國各棉區均有發生，棉苗受害后，在近地面的莖基部產生黃褐色病斑，后變成黑褐色，并逐漸凹陷腐爛，嚴重時病部變細，病苗枯死或萎倒。子葉受害后形成不規則形黃褐色病斑，以后病部破爛脫落成穿孔狀。成株期受害后，葉上產生褐色斑點，后脫落穿孔。
　　防治方法：1、合理輪作：與禾本科作物：輪作2～3年以上。2、合理施肥：精細整地，增施腐熟有機肥或5406菌肥。3、提高播種質量：春棉以5厘米深士溫達14℃時為適宜播期，一般播種4～5厘米深為宜。4、加強苗期管理：適當早間苗、勤中耕，降低土壤濕度，提高上溫，培育壯苗。5、藥劑拌種 精選種子，用種子重量0.5～0.8％的50％多菌靈，或種子重量0.6％的50％甲基托布津，拌種。
　　二、枯萎病
　　枯萎病也叫植物的癌癥，是棉花生產的大敵，近年來，迅速蔓延。枯萎病的特征是：植株矮化，葉色發灰綠色，脆硬，莖桿彎曲，莖結縮短，頂心下陷，莖桿內維管束變成灰褐色或淺黑色。發病條件：高溫高濕，連茬種植，雨后晴天，會成行、成片死亡。
　　防治方法：1、改土：在施入有機肥、氮、磷、鉀的基礎上，每畝增施0.5公斤重茬劑，然后耕翻，可以殺除大部分土中病菌，并可使土壤中增加透氣性，消除土壤中亞銷酸鹽含量、破除板結，改良鹽堿，增強植株抗病能力，減少枯黃萎病危害。2、適量施用氮肥。3、適時澆水，棉花單株平均有兩個鈴天氣干旱時澆第一水，提早澆水會促進病害發生；4、苗期、蕾期和花鈴期定期噴灑2 4次枯黃急救，或惡霉靈等防治枯黃萎病。5、對已發病的植株可以動手術防治，既定在棉花基部莖桿上5～6厘米處用小刀開2～3厘米縱口，插入兩段用枯黃急救原液浸泡4小時以上的火柴梗，采取上述方法可以有效控制棉花枯萎病的危害，也可以防治其它作物的枯萎病。 中國苗木網,m.cqhuayin.com
　　三、黑腐病
　　黑腐病棉花根部表皮呈黑色，略有凸起，無新根長出，植株矮小、葉片軟綿、生長緩慢，高溫下易死亡，死亡后植株呈黑枯形，直立不倒，發病區呈塊狀。雨后積水時間長，地勢低洼，鹽堿偏重或施氮肥量大的地塊，中耕不及時，前茬種過甘薯、甜菜、大白菜、甘藍、蘿卜地塊易發此病。
　　防治方法：1、整平土地，防積水，及時排水。2、雨后及時中耕松土透氣，提高根系活性。3、增施石灰粉每畝15公斤，硫酸亞鐵10公斤或施入重茬劑、肥力寶都可以減少和控制此病發生。4、增施有機肥和磷鉀肥，控制和適量施入氮肥；5、發病期用枯黃急救，腐爛速康各20克，加水15公斤，噴灑葉面或灌根均可有效防治黑腐病。
　　四、病毒病
　　棉花病毒病主要有小葉病毒病，花葉病毒病，曲脈病萎病、紫葉病毒病落葉、落花、落果病毒病，病毒病稱為植物的愛滋病，傳播快捷，危害嚴重、減產于無形之中，是植物第一大敵人。
　　防治方法：在棉花生長前期用病毒醫生、抗毒素、病毒立滅、枯病靈均可防治。
　　五、莖枯病
　　棉花從苗期到結鈴期均能受害，前期為害子葉、真葉、莖和生長點，造成爛種、葉斑、莖枯、斷頭落葉以至全株枯死，后期侵染苞葉和青鈴，引起落葉和僵瓣。子葉和真葉發病初為黃褐色小圓斑，邊緣紫紅色，后擴大成近圓形或不規則形的褐色斑，表面散生許多小黑點（病原菌）。莖部及葉柄受害，初為紅褐色小點，后擴展成暗褐色梭形潰瘍斑，中央凹陷，周圍紫紅。病情嚴重時，病部破碎脫落，莖枝枯死。