容器育苗與苗床育苗相比，不能施入基肥，否則會導致某些元素的濃度過高，造成死苗。一般只施以適量的堆肥，而追肥的效果也不錯，即結合灌水施用速效性肥料。   
　　容器育苗的施肥，通常是將含有一定比例的N、P、K養分的混合肥料，按1：200的濃度配成水溶液，通過灌水系統進行噴施或灌根。根據苗木各個生長期的不同要求，不斷調整N、P、K比例和施用量，以達到最佳效果。    
　　苗木生長一般分為出苗期、幼苗期、速生期和硬化期四個階段。出苗期指幼苗剛出土的時期，從播種到幼苗地上部出現真葉、地下部出現側根為止。出苗期的幼苗還不能自行制造養分，其營養來源主要靠種子內部貯存的營養物質。幼苗期是從幼苗地上部出現真葉、地下部生出側根，到幼苗的高生長量大幅上升為止。這時幼苗對磷和氮較敏感，一般以偏施氮肥為主，以促進保苗和根系生長。速生期是苗木生長最旺盛的時期，從苗木的高生長量大幅上升開始，到高生長量大幅下降為止。這時是苗木地上部和根系生長量最多的時期，需要的肥水最多，可增加氮肥用量及次數，并按比例施磷鉀肥，以促進氮的吸收和苗木生長。在后期為促進苗木硬化，提高其抗性，要適時停施氮肥。到了苗木地上部和地下部都逐漸木質化的硬化期，要防止徒長，停止施用肥料，提高苗木抗性。