主要病害及其病原菌的存在部位 
    猝倒苗，病原菌潛伏在種子內部。立枯病，菌絲體潛伏在種子內部，菌核附著在種子表面。辣椒細菌性斑點，細菌附著在種子表面。辣椒病毒病，病毒存在于種子表面。辣椒綿疫病，存在于種子內部。辣椒黃萎病，存在于種子內部。 
    防治方法 
    溫湯浸種  用60℃的熱水浸種，水量為種子量的3倍，先將種子緩慢倒入，邊倒邊攪拌，待溫度降到25～30℃時，浸12～24小時。此法對種子傳播的病害均有控制作用。 
    硫酸鋅浸種  用濃度為0.20％～0.40％的硫酸鋅溶液，在20～25℃條件下浸種12小時，此法對辣椒病毒病有抑制作用。 
    磷酸三鈉浸種  先將種子放入清水。浸泡3～4小時，然后移入10％的磷酸三鈉溶液中浸濕30分鐘，取出用清水沖洗干凈。此法可殺死或純化辣椒病毒。 
    硫酸銅浸種  先將種子用清水浸10～12分鐘，再用1％的硫酸銅液浸泡5分鐘，取出后用清水洗凈。此法可防甜椒炭疽病和細菌性角斑病。 
    多菌靈浸種  用冷水浸3～4小時后移入50％的多菌靈可濕性粉劑的500倍液中浸1小時，用清水洗凈。可殺死或純化辣椒病毒。