甜瓜病蟲害多，必須進行防治。如果防治不當就會造成污染，引發公害。為了避免食用甜瓜對人的傷害，在棚栽甜瓜的生產過程中，應該抓好如下主要防治技術環節。
    1、堅持農業防治  主要是指輪作換茬。凡有條件的地方，一要進行水旱輪作，可有效地抑制土傳病蟲害；二要定期進行換茬，可有效地防止連茬障礙；三要根據天氣變化，進行冬灌冬凌，可顯著地減輕病蟲發生基數。
    2、進行消毒處理  消毒的方法主要有三種，一是在大棚的空間進行消毒，可采用硫磺煙劑或百菌清煙劑，667平方米200—250克，點燃密閉熏煙一晝夜，亦可用速克靈煙劑、腐霉利煙劑、殺瓜蚜煙劑等。二是藥土消土。每百平方米的大棚用40%多菌靈或50%托布津800克，對水100-200升，摻細土500—600千克，拌勻后撒到地面，然后耙入土中。三是種子消毒，一可用55°C的溫湯浸種，二可用40%甲醛加水稀釋150倍浸種1個半到2個小時。    
    3、使用低毒農藥  一是根據不同病害分別選用50%多菌靈、70%百菌清、50%瑞毒霉、70%托布津、95%敵克松、50%速克靈、20%三唑酮等。二是根據不同蟲害分別選用 50%辟蚜霧、2.5%功夫、90%晶體敵百蟲、20%殺蟲雙水劑、40%樂果乳劑、20%速滅丁等。殺菌劑一般稀釋600—800倍。菊酯類殺蟲劑稀釋為 2000—3000倍。有機磷農藥稀釋為 1500—2000倍。三是提倡使用生物農藥，如高效Bt、蘇阿維、四季紅、顆粒體病毒等。