生物菌肥是從自然界中采集到的固氮活性菌種，經科學配方、組合加工研制而成的一種無公害新型復合生物肥。要發揮其最佳效能，應注意五個方面的問題。 
　　
　　 一要注意施用土壤 對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不撒施，可采用噴霧的方法，效果更明顯。 
　　
　　 二要注意施用溫度，施用菌肥的最佳溫度是25℃—37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌最適溫度土壤的含水量是60—70%。 
　　
　　 三要注意混合施用，千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）、稻草灰以及未腐熟的農家肥混合使用，因為這些農藥、肥料容易殺死生物菌。在施用時，若施用菌肥與防病蟲、除草相矛盾，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。 
　　
　　 四要注意施用數量，用生物菌肥取代化肥應做到第一、第二、第三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補充，不能減少。因農作物對化肥產生了依賴性，不能一下子適應。 
　　
　　 五要注意施用時間，生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營養臨界期和大量吸收期前7—10天施用效果最佳。